Asal-usul Desa Balowerti ini tidak lepas dari sejarah Kerajaan Kediri di wilayah Jawa Timur (1042-1222 M). Lokasi Desa Balowerti ini adalah masih kawasan Kerajaan Jenggala pada jamannya. Area ini juga diyakini sebagai lokasi benteng pertahanan VOC yang berhasil dihancurkan, serta sisa-sisa keraton, pemukiman, infrastruktur kota kuno seperti disebutkan dalam kitab Negarakertagama.

             Ratusan tahun lalu Desa Balowerti ini masih berupa hutan belantara,. Kemudian ada utusan yang disebut sebagai Eyang Gombloh yang berhasil melakukan pembukaan wilayah (babat alas) sehingga tempat ini layak untuk dihuni. Seiring berjalannya waktu satu persatu orang bahkan keluarga mulai menghuni tempat ini hingga menjadi pemukiman dan desa. Desa ini akhirnya diberi nama “DESA BALOWARTI” karena wilayah ini masih erat kaitannya dengan bekas Kerajaan Jenggala. Nenek moyang terdahulu meyakini bahwa di tempat ini digunakan sebagai tempat berkumpulnya prajurit kerajaan ketika Sang Raja memberikan titah atau perintah kepada mereka. Oleh karena itu, wilayah ini disebut dengan “DESA BALOWARTI” yang memiliki arti area tembok keraton dan warta atau berita. Di Desa Balowerti ini letak sejarah ditandai dengan adanya “Punden Condro Manik” yang terletak di Jl. Balowerti 1 gang Balong. Tempat ini memiliki nama “Balong” karena dulunya adalah sebuah sumber air yang melimpah dengan peninggalan sejarah di tengahnya. Hingga kini warga menyebut “Desa Balowarti menjadi Desa Balowerti” karena seiring berjalannya waktu pengucapan katanya menjadi berbeda.